A. Zaman Belanda (1911-1941)

1. Kursus Pendidikan Calon Imam di Kolese Xaverius Muntilan (1911-1926)

Pendirian lembaga pendidikan calon imam Seminari Menengah Mertoyudan tidak dapat dipidahkan dari keinginan dua orang pemuda pribumi lulusan Kweekxchool di Muntilan yang berkehendk kuat menjadi imam. Dua pemuda itu adalah Petrus Darmaseputra dan Fransiskus Xaverius Satiman. Kemudian mereka menghadap Romo Fransiskus van Lith SJ dan Romo Y. Martens SJ untuk menyatakan niat mereka untuk menjadi imam pada bulan November 1911. Mereka memohon agar para romo mendidik mereka menjadi imam. Niat kedua pemuda itu dan kebutuhan Gereja akan pelayanan para imam muncullah gagasan untuk mendirikan tempat pendidikan calon imam. Proses perizinan segera diurus ke Roma. Pada tanggal 30 Mei 1912, keluarlah izin resmi dari Roma untuk memulai pendidikan calon imam yang bertempat di Kolese Xaverius Muntilan. Pada rentang waktu 1916-1920 sudah terdapat sepuluh siswa Muntilan yang dikirim ke sekolah Latin yang diselenggarakan oleh para imam Ordo Salib Suci di Uden, Eropa. Perbedaan iklim membuat dua orang siswa meninggal dunia dan satu terganggu kesehatannya. Maka diambillah kebijakan untuk menyelenggarakan pendidikan di Indonesia. Pada 7 September 1922 dua orang Seminaris menjadi novis pertama di Novisiat Serikat Yesus yang baru dibuka di Yogyakarta. Pada waktu itu Rektor Novisiat Serikat Yesus adalah Romo Strater SJ sekaligus menjadi pimpinan novisiat

2. Seminari Kecil Santo Petrus Canisius Yogyakarta (1925-1941)

Pada bulan Mei 1925 dimulailah Seminari Kecil (Klein Seminarie). Gedung dibangun di sebelah barat Kolese Santo Ignatius Yogyakarta pada tanggal 19 Desember 1927 dan diberkati oleh Mgr. A.P.F. van Velsen SJ. Setelah tamat dari Hollands Indlanse School (HIS) dan Europesche Lagere School (ELS) mereka dapat menjalani pendidikan di Seminari ini. Pada tahun 1941 Seminari Kecil di Yogyakarta dipindahkan ke Mertoyudan Magelang karena jumlah siswanya meningkat hingga mencapai lebih dari seratus siswa. Pelajaran pertama dilakukan pada 13 Januari 1941. Sementara itu pada 15 Agustus 1936, didirikanlah Seminari Tinggi Santo Paulus di Muntilan oleh Vikaris Apostolik Batavia Mgr. Willekens SJ, dengan lima mahasiswa pertama sebagai calon imam. Enam tahun kemudian empat dari lima calon imam tersebut ditahbiskan menjadi imam praja pertama.

B. Zaman Jepang – Seminari in Diaspora (1942-1945) Pada 8 Maret 1942 tentara Hindia Belanda menyerah tanpa syarat pada Jepang. Asia Raya berada di bawah kekuasaan Jepang. Semua sekolah yang menggunakan pengantar bahasa Belanda ditutup. Gedung Seminari diduduki Jepang dan dijadikan sebagai sekolah pertanian Nogako. Pada 5 April 1942, para Seminaris terpaksa dipulangkan. Namun pendidikan calon imam tetap dilaksanakan di berbagai pastoran yaitu Boro, Yogyakarta, Ganjuran, Muntilan, Girisonta, Ungaran, Semarang, dan Solo. Di pastoran tersebut para Seminaris diberikan pelajaran secara sembunyi-sembunyi. Dalam masa ini, Seminari lazim disebut Seminari in Diaspora. Kondisi ini bertahan hingga tahun 1945. C. Zaman Indonesia Merdeka

1. Masa Perjuangan (1945-1949)

Ketika Indonesia sudah merdeka, Gedung Seminari Mertoyudan digunakan oleh Tentara Keamanan Rakyat (TKR). Sejak 17 Juni 1946 hingga 18 Desember 1948, gedung Seminari Mertoyudan digunakan untuk pendidikan Kepolisian Republik Indonesia. Pada 1946, sebanyak 49 Seminaris yang tersebar di pelbagai tempat dikumpulkan di Kompleks Sekolah Guru di Ambarawa. Mereka diasuh oleh Romo C. Soetapanitra SJ. Pada 1947 Ambarawa dijadikan medan perang Clash I, maka sebagian Seminaris dipindahkan ke Ganjuran dan diasuh oleh Romo J. Darmojuwono SJ. Sebagian Seminaris dipindahkan ke Muntilan pada Oktober 1947 dan diasuh oleh Romo Th. van der Putten SJ. Satu tahun kemudian Seminaris yang berada di Ganjuran dipindahkan ke Muntilan dan diasuh oleh Romo Th. van der Putten SJ dan Romo R. Sandjaja Pr. Hadirnya karya misi dan Seminari di Muntilan menimbulkan perasaan tidak suka di kalangan tentara Hisbullah. Pada Desember 1948 Yogyakarta diduduki oleh Belanda pada Clash II. Sehari kemudian gedung Bruderan FIC dibumihanguskan agar tidak jatuh ke tangan Belanda. Ketika Seminari Muntilan hendak dibakar oleh tentara Hisbullah, Seminari ini diselamatkan oleh Romo Th. van der Putten SJ. Sebagai rektor, beliau berhasil memperoleh surat resmi dari Pemerintah Indonesia yang menyatakan bahwa Seminari tidak boleh dibakar. Sementara itu, pada 20 Desember 1948 terdapat peristiwa menyedihkan yaitu Romo R. Sandjaja Pr dan Frater Bouwens SJ dibunuh oleh tentara Hisbullah. Dalam situasi tersebut, seminaris terpaksa mengungsi ke desa Dukun selama dua hari. Sekembalinya dari pengunsian di Dukun, seminaris mendapati gedung Seminari dalam keadaan rusak berat. Perabotan dan barang-barang berharga dirampas. Dalam waktu singkat, Romo Th. van der Putten SJ memindahkan seminari ke Jalan Code Yogyakarta pada awal Januari 1949.

2. Masa Pembangunan Pasca Bumi Hangus (1949-1952)

Dalam masa perjuangan, gedung Seminari sempat dibumihanguskan. Setelah situasi kembali tenang, gedung Seminari dibangun kembali oleh Vikaris Semarang. Pembangunan dapat diselesaikan pada bulan Agustus 1952. Gedung yang dibangun pada masa itu adalah bagian Domus Patrum dann kompleks Medan Madya.

3. Masa Perkembangan Seminari Mertoyudan (1952-sekarang)

Pada 3 Desember 1952 diberkati oleh Mgr. Albertus Soegijapranata SJ. Bagian-bagian gedung yang lain ditambahkan lima tahun kemudian seperti kompleks Medan Pratama dan Medan Utama. Sejak saat itu semakin banyak murid tamatan Sekolah Dasar yang mendaftar di Seminari Mertoyudan. Berdasarkan berbagai pertimbangan, pada tahun 1946 murid tamatan Sekolah Dasar tidak diterima lagi. Yang diterima menjadi seminaris adalah mereka yang sudah lulus dari Sekolah Menengah Pertama (SMP) dan Sekolah Menengah Atas (SMA). Pada 1976, dilakukanlah penambahan gedung baru yaitu kompleks Medan Utama. Sejak saat itu Seminari cabang Yogyakarta digabung dengan Seminari Mertoyudan hingga saat ini. Pembangunan berikutnya adalah pembangunan satu unit perpustakaan dua lanta yang dirtesmikan oleh Romo M. Soenarwidjaja SJ, pembangunan  Gedung Rumah Musik yang diresmikan pada 30 Mei 2009, halaman belakang Seminari yang sebelumnya digunakan untuk peternakan babi ditata ulang. Di area tersebut didirikan kelas-kelas baru dan ruang multimedia serta perkebunan buah-buahan. Kompleks kelas baru diresmikan oleh Romo R.B. Riyo Mursanto Sj (Provinsial Provinsi Serikat Yesus Indonesia) pada 8 September 2013 sedangkan Ruang Multimedia diresmikan oleh Mgr. Y. Pujasumarta pada tanggal 6 Desember 2014. Pembangunan sakala besar dilakukan pada tahun 2014-2015 yang meliputi renovasi dapur, renovasi kompleks susteran, dan pembangunan indoor (Gor Tertutup). Dapur diresmikan oleh Mgr. Ign. Suharyo dan Mgr. Y. Pujasumarta pada tanggal 27 Maret 2015 dengan nama Dapur Ign. Sumarya SJ. Romo Ign. Sumarya Sj meninggal dunia di tengah usaha menggalang dana untuk renovasi dapur tersebut. Seminari Menengah Mertoyudan pernah mengalami krisis yang berat pada rentang waktu 2003-2006. Yang menjadi pokok permasalahan adalah pertama, menurunnya jumlah remaja yang tertarik untuk menjadi imam sehingga jumlah seminaris menjadi sedikit. Yang kedua adalah seminari tidak mampu membiayai penyelenggaraan pendidikan calon imam yang terhitung mahal. Di tengah gagasan tersebut muncullah gagasan untuk mengubah Seminari Mertoyudan menjadi sekolah umum. Mereka yang bertangggung jawab terhadap lembaga ini berpikir keras sehingga jumlah seminaris dari tahun ke tahun semakin stabil dan krisis keuangan dapat diatasi dengan melibatkan peran serta orang tua, umat paroki dan para benefactores. Pada 21 Oktober 2009 komunitas Seminari Mertoyudan mengadakan penegasan bersama Mgr. Ign. Suharyo (Uskup Agung Semarang). Bapak Usup mengingatkan bahwa Seminari Mertoyudan memiliki tugas utama yaitu mendidik calon-calon imam. Proses pencarian dan penegasan panggilan diberi kesempatan selama tiga tahun pertama. Jika sebelum tiga tahun seminaris sudah dapat mengambil keputusan untuk menjadi awam, maka sudah layak dan sepantasnya jika ia memilih sekolah yang lebih cocok. Sedangkan seminaris di tahun III yang memilih menjadi awam tidak diperkenankan untuk lanjut di tahun IV.     Sumber : Buku Pedoman Pembinaan Seminari Menengah St. Petrus Canisius Mertoyudan Magelang, hlm 1-6